Nach der Übernahme durch VW führt Lamborghini ein sehr kleines Restyling durch, um den alternden Diablo bis zu seiner Ablösung zu überbrücken (die allerdings erst 2001 erfolgen wird!). Die wichtigste Neuerung der VT 5.7, Jahrgang 1999 oder VT Serie 2, besteht darin, dass die Klappscheinwerfer, die ein Symbol für ein anderes Zeitalter sind, verschwinden und durch leistungsstärkere Scheinwerfer ersetzt werden, die unter einer Polycarbonatblase verborgen sind. Der Diablo VT fährt nun eine Nummer größer auf 18-Zoll-Felgen aus einem Stück und verfügt über eine verbesserte Bremsanlage mit serienmäßigem ABS. Der gesamte Innenraum wurde gründlich überarbeitet, um die Qualität der Verarbeitung noch weiter zu steigern – der deutsche Einfluss verpflichtet… Ein Beifahrerairbag gehört nun zur Standardausstattung.