Inspiriert vom Diablo SE30 Jota , wollten die neuen Verantwortlichen noch extremere (und teurere) Varianten des Diablo in Form von limitierten Serien anbieten, die auch die wohlhabendsten Sammler anlocken konnten. So kam es, dass die Fabrik in Sant’Agata 1996 den Diablo VT-R baute. Der VT-R ist weit weniger bekannt, da nur drei (!) der ursprünglich fünf geplanten Exemplare hergestellt wurden, und bleibt eine der letzten Verrücktheiten der Marke vor ihrer erneuten Übernahme. Es ist gut möglich, dass Lamborghini einige Teile des Diablo SE30 auf Lager hatte, so dass die Idee entstand, diese auf einem Diablo VT-Chassis wiederzuverwenden, mit Ausnahme der kleinen Fenster und der Felgen, die vom Diablo VT Roadster übernommen wurden. Der Diablo VT-R verwendet eine modifizierte Version des 5.7L V12, der den Super Diablo auf allen vier Rädern auf 328 km/h beschleunigen kann.