Ispirandosi alla Diablo SE30 Jota, la nuova dirigenza volle offrire varianti ancora più estreme (e costose) della Diablo, sotto forma di serie limitate, in grado di attirare i collezionisti più facoltosi. La fabbrica di Sant’Agata costruì la Diablo VT-R nel 1996. Molto meno conosciuta – solo 3 (!) delle 5 originariamente previste furono prodotte – la VT-R rimane una delle ultime follie del marchio prima… della sua nuova acquisizione. È molto probabile che la Lamborghini avesse in magazzino alcune parti della Diablo SE30, quindi l’idea fu di riutilizzarle su un telaio della Diablo VT, a eccezione dei caratteristici finestrini e delle ruote, che furono presi in prestito dalla Diablo VT roadster. La Diablo VT-R utilizza una versione modificata del V12 da 5,7L, in grado di spingere la Super Diablo da tutte e 4 le ruote a 328 Km/h.