Inspirés par la Diablo SE30 Jota , les nouveaux responsables souhaitent proposer des variantes encore plus extrêmes (et chères) de la Diablo, sous forme de séries limitées, susceptibles d’attirer les collectionneurs les plus fortunés. C’est ainsi que l’usine de Sant’Agata va construire la Diablo VT-R en 1996. Beaucoup moins connue puisque seulement 3 exemplaires (!) ont été produits sur les 5 prévus initialement, la VT-R reste l’une des dernières folies de la marque avant… son nouveau rachat. Il est fort possible que Lamborghini disposait de quelques pièces de Diablo SE30 en stock si bien que l’idée fût de les réutiliser sur un châssis de Diablo VT, à l’exception des petites vitres si particulières et des jantes, empruntées à la Diablo VT roadster. La Diablo VT-R utilise une version modifiée du V12 5.7L, capable de propulser des 4 roues la Super Diablo à 328 Km/h.